通常情况下，在医院做试管婴儿，是不可能确定是男孩还是女孩的。在第三代试管婴儿中选择性别的可能性需要有某些选择性别的迹象。今天，可以进行植入前遗传学确认和确定研究，用特殊方法分析体外受精后4-10细胞阶段的胚胎活检的1-2个细胞来确认胚胎的性别。其主要目的是防止怀孕的孩子出现性别连锁的遗传疾病，并避免高危夫妇在发现胎儿异常后终止妊娠的痛苦。在没有医学指示确认和确定性别的情况下，该技术不能在医院进行。

　　然而，这种技术仅限于患有遗传性疾病的夫妇，如遗传性联动疾病，在将已经形成的胚胎释放到子宫内进行优生优育之前，选择由他们的精子和卵子形成的胚胎进行遗传和染色体检测。如果是性连锁遗传病，如血友病，男性有此病，女性是携带者，但女性本身没有此病，则对胚胎进行性别筛查，以防止出生患有此病的孩子。筛查工作比较复杂，费用也很高。现在用PGD技术可以检测的疾病数量非常有限，所以必须仔细挑选病例。如果目的只是为了生一个男孩或女孩，根本没有必要进行这种测试。多年来，许多中心都表明，男女比例几乎是1:1，因此试管婴儿技术绝不应该被任意用来进行性别选择。